Η οργανωτική δομή του Τμήματος Εργασιακών Σχέσεων, στοχεύει στη μεγιστοποίηση της δυνατότητας του Τμήματος να δραστηριοποιείται παραγωγικά στον τομέα αρμοδιοτήτων του και να ανταποκρίνεται επιτυχώς στις υποχρεώσεις του.
Συγκεκριμένα, η οργάνωση του Τμήματος σε κεντρικό επίπεδο περιλαμβάνει τους ακόλουθους κλάδους:
καθώς επίσης την Υπηρεσία Εγγραφής Συντεχνιών.
Επίσης, το Τμήμα είναι οργανωμένο και σε επαρχιακό επίπεδο, με τη λειτουργία Επαρχιακών Γραφείων Εργασιακών Σχέσεων, με κύριες αρμοδιότητες τη μεσολάβηση σε εργατικές διαφορές, την επιθεώρηση εφαρμογής της εργατικής νομοθεσίας και το χειρισμό παραπόνων εργαζομένων, σε τοπικό επίπεδο.