Η μεσολάβηση αφορά εργατικές διαφορές του ιδιωτικού και ευρύτερου δημόσιου τομέα και αποτελεί μία από τις κύριες αρμοδιότητες του Τμήματος Εργασιακών Σχέσεων. Η διαδικασία της μεσολάβησης καθορίζεται στον Κώδικα Βιομηχανικών Σχέσεων. Με βάση τον Κώδικα, δικαίωμα υποβολής αίτησης για μεσολάβηση σε εργατική διαφορά έχουν μόνο η εργοδοτική πλευρά και οι συνδικαλιστικές οργανώσεις που εκπροσωπούν τους εργαζόμενους, ενώ ο χειρισμός παραπόνων ανοργάνωτων εργοδοτουμένων γίνεται μέσα από ξεχωριστή διαδικασία (βλ. επώνυμο παράπονο ή ανώνυμο παράπονο).
Η διαδικασία μεσολάβησης συμπεριλαμβάνει τον ορισμό ενός ανεξάρτητου τρίτου ατόμου – μεσολαβητής από το Τμήμα Εργασιακών Σχέσεων – το οποίο προσπαθεί να βοηθήσει τις δύο πλευρές (εργοδότης / εργοδοτική οργάνωση και συνδικαλιστική οργάνωση), μεταξύ των οποίων εκκρεμεί εργατική διαφορά, να καταλήξουν σε κάποια διευθέτηση για επίλυσή της. Ο μεσολαβητής προσπαθεί να βοηθήσει τα δύο μέρη, συντεχνίες και εργοδότες, για να επιλύσουν τις εργατικές διαφορές τους, δίδοντας λύσεις που είναι δυνατό να γίνουν αποδεκτές. Ο ρόλος του είναι δηλαδή, καθαρά βοηθητικός στο να καταλήξουν οι δύο πλευρές σε μια κοινά αποδεκτή λύση, για γεφύρωση της διαφοράς. Εντούτοις, κατά την άσκηση των καθηκόντων του, ο μεσολαβητής δεν αγνοεί τις επικρατούσες αρχές σ’ ότι αφορά τα θέσμια των εργασιακών σχέσεων, το δημόσιο συμφέρον και τα σύνηθες κριτήρια πάνω στα οποία βασίζεται ο καθορισµός των µισθών και των όρων εργασίας και οποιαδήποτε κριτήρια τα οποία µπορεί να συµφωνηθούν µεταξύ Κυβέρνησης και των δύο πλευρών της οικονοµίας σε σχέση µε µια πολιτική µισθών και τιµών. Ως εκ των πιο πάνω, ο μεσολαβητής, κατά τη διάρκεια των διαπραγματεύσεων, προσπαθεί να βοηθήσει τις δύο πλευρές να καταλήξουν σε μία λύση η οποία θα είναι η βέλτιστη για τα συμφέροντα και των δύο και συγχρόνως προς το ευρύτερο συμφέρον της Κυπριακής οικονομίας και κοινωνίας.
Λεπτομερώς, η διαδικασία που ακολουθείται ανάλογα με το είδος της εργατικής διαφοράς στην οποίας ενδέχεται αν κληθεί το Τμήμα να μεσολαβήσει, καθορίζεται στον Κώδικα Εργασιακών Σχέσεων.